肥後古流長刀は初めは単に「古流長刀」と呼ばれていて、昔の古い型を今日に遺していることを示しています。「古流長刀」を名乗る流派はほかにないので、古武道関係者にはそれだけで熊本に伝わる流派だと分かります。

流祖は和泉の国日根（現大阪府泉佐野市）の浪人、亀井輝重といわれています。肥後の浪士、松本源次郎助次が修行のため国中を回っているうち日根に至り、この亀井輝重に師事して長刀を修練し、総状や指南の皆伝を許されました。そして帰国して肥後藩に広めたとされています。時代的には一七〇〇年代の後半と考えられます。

江戸時代は藩校時習館の武芸種目の一つとして多くの武士が修練に励み、明治以降は女学校を中心に広く普及しました。